تقوم إدارة الموارد المائية بتقديم الدعم الفني للدول العربية، من أجل تحقيق أمنيها المائي و‏الغذائي، والحد من اتساع الفجوة الغذائية فيها، ودعم استراتيجياتها وسياساتها المائية الهادفة للحفاظ على الموارد المائية، وحمايتها من الاستنزاف والتلوث لضمان الحقوق المائية للأجيال القادمة. إضافة إلى نقل وتوطين وتطوير التقانات الحديثة المستخدمة في تقييم وتنمية وإدارة الموارد المائية، وتقديم العون الفني والبحثي والمعلوماتي في مشاريع الامداد بمياه الشرب، واستعمالات مياه الصرف المعالجة. كما تعمل الادارة على رفع كفاءة المؤسسات ‏الفنية ذات الصلة بقطاع المياه، وترقية مهارات كوادرها تعزيزاً لدور المركز العربي كبيت خبرة متميز على المستوى العربي والدولي في مجال تطبيقات الادارة المتكاملة للموارد المائية.